Les structures officielles de la FISEC sont:

L'Assemblée Générale: véritable coeur de la FISEC, l'Assemblée Générale se réunit en novembre de chaque année. Deux représentants de chaque pays membre disposant dún nombre de voix proportionnel à la participation de leur pays aux Jeux au cours des trois dernières années orientent la politique générale de la féderation.

Le Bureau Exécutif:  un président, deux vice-présidents, un trésorier et les deux présidents des commissions CTI et CIRPP forment le Bureau Exécutif de la FISEC. Le Bureau Exécutif est assisté par le Secretaire Generale. Le Bureau est lórgane qui assure la gestion de la fédération. Il se réunit trois fois par an. 

Membres du Bureau Exécutif en 2006: Président: Math Pieters (Pays-Bas); Vice-présidents: Louis Borg (Malta); Mme Lies Janssen (Pays-Bas): Trésorier: Michel Langonné (France); Membre: Laszló Pérendy (Hongrie) - Président de la CIRPP; Membre: Herman van Driessche (Flandres) - Président de la CTI.

Secretaire Général (assiste le président et le Bureau Exécutif): Gianfranco Selvaggi (Malte).

Le Staff-FISEC: constitué du Président de la CTI, d'un membre du Bureau Exécutif et du secrétaire de la CTI, le Staff est línterface entre les Comités d'Organisation des Jeux (COJFI) et la FISEC. Il suit de la péparation des Jeux et assiste le COJFI avant et pendant les Jeux.

La Commission Technique Internationale (CTI): la CTI regroupe un délégué de chaque pays autour du président de la CTI et de son secrétaire. Elle établit les règlements particuliers et en asure le suivi en déléguant un superviseur par sport lors des Jeux.

CTI 2006: Président: Herman van Driessche (Flandres); Secrétaire: Didier Rivereau (France).

La Commission de Réflexion Pédagogique et Pastorale (CIRPP): La CIRPP entend veiller à ce que les jeux FISEC soient animés de lésprit chrétien, sans prosélitisme, respectueux du Fair Play et des valeurs humaines et empreints de culture.

CIRPP 2006: Président: Laszló Pérendy (Hongrie); Secrétaire; Julie Bajada (Malta).