La FISEC trouve son origine dans l'initiative prise par l'UGSEL de France en 1946 sous l'impulsion de son secrétaire général Yves Bouvyer, en collaboration avec le professeur De Nayer (Belgique) et de monsieur Walsh (Grande Bretagne). 

A cette époque, les promoteurs ont voulu attirer láttention de l'opinion publique sur l'importance croissante des activités physiques et sportives et inciter les responsables de l'education, notamment dans l'Enseignement Catholique, à accorder une large place à ces activités dans la formation physique, humaine et chrétienne des jeunes.

A la suite de plusieurs tournois de football réunissant Anglais, Belges et Français en 1946 et 1947, le grand départ de la FISEC fut donné en 1948 à l'occasion des 1^ers jeux masculins organisés à Monaco. En 1952, l'Espagne rejoint la FISEC et en 1959 s'organisent les premiers Jeux pour jeunes filles à Leuven (Belgique). En 1980, les Jeux masculins et féminins fusionnent en une organisation unique. A coté des Jeux d'Eté, seront organisés les Jeux de Printemps dans les vacance de Paques.

Depuis 1992, la FISEC sést donné pour objectif de professionnaliser ses organisations par la définition de conditions strictes et la signature dún contrat d'engagement mutuel entre le Comité d'Organisation du pays organisateur et la FISEC.

En 1998, la FISEC a organisé ses 50è Jeux. Organisés en sessions de printemps (vacances de Paques) et d'été (deuxième quinzaine de de juillet),. Les Jeux de Malte, en 1997 furent les premiers Jeux pour lesquels un contrat liait le Comité d'Organisation (COJFI) et la FISEC. Se sont succédés, ensuite les jeux de: Gran Canarie (1998), Lisbonne (1999), Nantes (2000), Nyireghihza en Hongrie (2001), Malte (2002), Salamanca (2003), Malta (2004), Madrid (2005) Keckskemét en Hongrie (2006).